กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งโรงเรียนภัทรญาณวิทยา เมื่อวันที่ 19 เมษายน 2516 โดยใช้สมณศักดิ์ของหลวงพ่อโพธิ์ ท่านพระครูภัทรญาณเจ้าอาวาสวัดสัมปทวนในสมัยนั้น ตั้งเป็นชื่อโรงเรียน ทั้งนี้เพราะหลวงพ่อโพธิ์ ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินของวัดสัมปทวน จำนวน 22 ไร่ 3 งาน 96 ตารางวา เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน ซึ่งตั้งอยู่ที่ เลขที่ 39/10 หมู่ 3 ตำบลวัดแค อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม และประชาชนได้ร่วมบริจาคที่ดินสมทบให้เป็นผืนเดียวกันรวมเป็น 23 ไร่ 3 งาน 46 ตารางวา

               โรงเรียนเริ่มรับนักเรียนชั้น ม.ศ.1 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2516 โดยอาศัยโรงเรียนนครชัยศรี  (วัดแคราษฎร์บำรุง) สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา ต่อมาปีการศึกษา 2517 กรมสามัญศึกษา ประกาศยุบโรงเรียนนครชัยศรีซึ่งเปิดสอนระดับประถมศึกษารวมกับโรงเรียนภัทรญาณวิทยา ให้เป็นเพียงโรงเรียนเดียวที่จัดสอนในระดับมัธยมศึกษา

               ปีการศึกษา 2522 โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย

               ปีการศึกษา 2526 คณะครูอาจารย์โรงเรียนภัทรญาณวิทยา  นำโดยนายจีรศักดิ์ ไพศาล ผู้บริหารโรงเรียนในขณะนั้นและผู้มีจิตศรัทธา ได้ร่วมกันบริจาคเงินซื้อที่ดินเพิ่มเติมอีก จำนวน 5 ไร่ 2 งาน 20 ตารางวา รวมที่ดินทั้งหมด 29 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวา

               ปีการศึกษา 2536 คณาจารย์ และผู้อำนวยการโรงเรียนภัทรญาณวิทยาในขณะนั้น คือ นายอนันต์ คงถาวร ได้มีความเห็นว่าการเปิดโรงเรียนเป็น 2 แห่ง มีความไม่ปลอดภัยสำหรับนักเรียนและครูที่ต้องข้ามถนนไปเรียนและไปสอน จึงขอคืนที่ดินเดิมของวัดแค จำนวน 11 ไร่ 40 ตารางวา ให้เหลือเพียงที่อยู่ปัจจุบัน จำนวนทั้งหมด 29 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวา

               ปัจจุบัน โรงเรียนภัทรญาณวิทยาเปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 – 6 สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 9 โดยมี
นายชัชวาลย์ สิงหาทอง ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

องค์พระปฐมเจดีย์ตั้งบนเมฆ หมายถึง สัญลักษณ์ของจังหวัดนครปฐมที่เจริญรุ่งเรืองมาอย่างยาวนาน
รวงข้าว หมายถึง อำเภอนครชัยศรี ตามคำขวัญ " ส้มโอหวาน ข้าวสารขาว ลูกสาวสวย ผ้าดำดี "
ลายไทย หมายถึง ทุกคนมุ่งมั่นรักษาวัฒนธรรมไทย

คำขวัญของโรงเรียน

เรียนดี มีวินัย น้ำใจนักกีฬา สามัคคี

คติธรรมของโรงเรียน

วิริเยน ทุกฺขมจฺเจติ

คนล่วงทุกข์ได้เพราะความเพียร

อักษรย่อชื่อโรงเรียน

ภ.ญ. ย่อมาจาก ภัทรญาณวิทยา

สีประจำโรงเรียน

ฟ้า แดง

สีฟ้า หมายถึง ความฉลาด ปราดเปรื่อง การก้าวไปสู้ชีวิตใหม่ที่สดใส

สีแดง หมายถึง ความกล้าหาญ เสียสละ

พระพุทธรูปประจำโรงเรียน

พระพุทธภัทรนิรันตราย

ต้นไม้ประจำโรงเรียน

ต้นชัยพฤกษ์