กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งโรงเรียนภัทรญาณวิทยา เมื่อวันที่ 19 เมษายน 2516  โดยใช้สมณศักดิ์ของเจ้าอาวาสวัดสัมปทวน ท่านพระครูภัทรญาณ (โพธิ์ ญาณโพธโน)  หรือหลวงพ่อโพธิ์  เจ้าอาวาสวัดสัมปทวนในสมัยนั้น ตั้งเป็นชื่อโรงเรียน  ทั้งนี้เพราะหลวงพ่อโพธิ์ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินของวัดสัมปทวน จำนวน 22 ไร่ 3 งาน 16 ตารางวา เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน  ซึ่งตั้งอยู่เลขที่ 39 หมู่ 3 ตำบลวัดแค อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม และประชาชนได้ร่วมบริจาคที่ดินสมทบให้เป็นผืนเดียวกันอีก 1 ไร่ 30 ตารางวา รวมเป็น 23 ไร่ 3 งาน 46 ตารางวา       

          โรงเรียนเริ่มรับนักเรียนชั้น  ม.ศ.1 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2516 โดยอาศัยโรงเรียนนครชัยศรี (วัดแคราษฎร์บำรุง) สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา ต่อมาปีการศึกษา 2517 กรมสามัญศึกษาประกาศยุบโรงเรียนนครชัยศรี (วัดแคราษฎร์บำรุง) ซึ่งเปิดสอนระดับประถมศึกษารวมกับโรงเรียนภัทรญาณวิทยาให้เป็นเพียงโรงเรียนเดียวจัดสอนในระดับมัธยมศึกษา โดยมี นายจีรศักดิ์ ไพศาล เป็นผู้บริหารคนแรก และรวมทรัพย์สินเป็นโรงเรียนเดียวกัน ที่ดินของวัดแค จำนวน 11 ไร่ 40 ตารางวา โรงเรียนจึงมีที่ดินรวม 34 ไร่ 3 งาน 86 ตารางวา 

          ปีการศึกษา 2522 โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย

          ปีการศึกษา 2526 คณะครูอาจารย์โรงเรียนภัทรญาณวิทยา นำโดยนายจีรศักดิ์  ไพศาล ผู้บริหารโรงเรียนในขณะนั้นและผู้มีจิตศรัทธาได้ร่วมกันบริจาคซื้อที่ดินเพิ่มเติมอีกจำนวน 5 ไร่ 2 งาน 20 ตารางวา รวมที่ดินผืนเดียวกันเป็นทั้งหมด 29 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวาและรวมที่ดินของวัดแคจำนวน 11 ไร่ 40 ตารางวา จึงมีพื้นที่ ทั้งหมด 40 ไร่ 2 งาน 6 ตารางวา การจัดการเรียนการสอนจึงแบ่งออกเป็น 2 แห่งตลอดมา

          ปีการศึกษา 2536 คณาจารย์ และ ผู้อำนวยการโรงเรียนภัทรญาณวิทยาในขณะนั้น คือ นายอนันต์ คงถาวร ได้มีความเห็นว่าเปิดโรงเรียนเป็น 2 แห่ง มีความไม่ปลอดภัยสำหรับนักเรียนและครูที่ต้องข้ามถนนไปเรียนและไปสอน จึงขอคืนที่ดินของวัดแคเดิมให้วัดแค จำนวน 11 ไร่ 40 ตารางวา ให้เหลือเพียงที่อยู่ปัจจุบัน จำนวน ทั้งหมด 29 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวา 

          ปัจจุบัน โรงเรียนเปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1–6 สังกัดสำนังานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 9 โดยมี นางลัดดาวัลย์ ศานตินิรันดร ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน

สัญลักษณ์

รูปองค์พระปฐมเจดีย์บนเมฆอยู่ในวงกลม ด้านซ๊ายขององค์พระปฐมเจดีย์เป็นรวงข้าว เบื้องขวาเป็นลายไทยและล้อมรอบด้วยคติพจน์ของโรงเรียน อยู่เบื้องบน ชื่อโรงเรียนอยู่เบื้องล่างอยู่ในวงกลมอีกชั้นหนึ่ง

องค์พระปฐมเจดีย์ตั้งบนเมฆ หมายถึง สัญลักษณ์ของจังหวัดนครปฐมที่เจริญรุ่งเรืองยาวนาน
รวงข้าว หมายถึง อำเภอนครชัยศรี ตามคำขวัญ " ส้มโอหวาน ข้าวสารขาว ลูกสาวสวย ผ้าดำดี "
ลายไทย หมายถึง ทุกคนมุ่งมั่นรักษาวัฒนธรรมไทย

พระพุทธรูปประจำโรงเรียน : พระพุทธภัทรนิรันตราย

คติธรรมของโรงเรียน : วิริเยน ทุกฺขมจฺเจติ คนล่วงทุกข์ได้เพราะความเพียร

คำขวัญโรงเรียน : เรียนดี มีวินัย น้ำใจนักกีฬา สามัคคี

ปรัชญาโรงเรียน : เร่งพัฒนาวิชาการ ประสานความประพฤติ ยึดถือคุณธรรม สัมพันธ์ชุนชม สมสถาบันการศึกษา

อัตลักษณ์ของโรงเรียน : รักการเรียนรู้ มีคุณธรรม ก้าวทันเทคโนโลยี

เอกลักษณ์ของโรงเรียน : การจัดการเรียนร่วม

อักษรย่อชื่อโรงเรียน : ภ.ญ. ย่อมาจาก ภัทรญาณวิทยา

สีประจำโรงเรียน : ฟ้า แดง

สีฟ้า หมายถึง ความฉลาด ปราดเปรื่อง การก้าวไปสู้ชีวิตใหม่ที่สดใส

สีแดง หมายถึง ความกล้าหาญ เสียสละ

ต้นไม้ประจำโรงเรียน : ต้นชัยพฤษ์