กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งโรงเรียนภัทรญาณวิทยา เมื่อวันที่ ๑๙ เมษายน ๒๕๑๖ โดยใช้สมณศักดิ์ของเจ้าอาวาสวัดสัมปทวน ท่านพระครู    ภัทรญาณ (หลวงพ่อโพธิ์) เจ้าอาวาสวัดสัมปทวนในสมัยนั้น ตั้งเป็นชื่อโรงเรียน ทั้งนี้เพราะหลวงพ่อโพธิ์ได้อนุญาตให้ใช้ที่ดินของ วัดสัมปทวน จำนวน ๒๒ ไร่ ๓ งาน ๑๖ ตารางวา เป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน ซึ่งตั้งอยู่เลขที่ ๓๙ หมู่ ๓ ตำบลวัดแค อำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม และประชาชนได้ร่วมบริจาคที่ดินสมทบให้เป็นผืนเดียวกันอีก ๑ ไร่ ๓๐ ตารางวา รวมเป็น ๒๓ ไร่ ๓ งาน ๔๖ ตารางวา

โรงเรียนเริ่มรับนักเรียนชั้น ม.ศ.๑ ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๑๖ โดยอาศัยโรงเรียนนครชัยศรี (วัดแคราษฎร์บำรุง) สังกัดกองการประถมศึกษา กรมสามัญศึกษา ต่อมาปีการศึกษา ๒๕๑๗ กรมสามัญศึกษาประกาศยุบโรงเรียนนครชัยศรี ซึ่งเปิดสอนระดับประถมศึกษารวมกับโรงเรียนภัทรญาณวิทยาให้เป็นเพียงโรงเรียนเดียวจัดสอนในระดับมัธยมศึกษา โดยมี นายจีรศักดิ์ ไพศาล เป็นผู้บริหารคนแรก และรวมทรัพย์สินเป็นโรงเรียนเดียวกัน ที่ดินของวัดแค จำนวน ๑๑ ไร่ ๔๐ ตารางวา โรงเรียนจึงมีที่ดินรวม ๓๔ ไร่ ๓ งาน ๘๖ ตารางวา 

            ปีการศึกษา ๒๕๒๒ โรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย

            ปีการศึกษา ๒๕๒๖ คณะครูอาจารย์โรงเรียนภัทรญาณวิทยา นำโดยนายจีรศักดิ์ ไพศาล ผู้บริหารโรงเรียนในขณะนั้นและผู้มีจิตศรัทธาได้ร่วมกันบริจาคซื้อที่ดินเพิ่มเติมอีกจำนวน ๕ ไร่ ๒  งาน ๒๐ ตารางวา รวมที่ดินผืนเดียวกันเป็นทั้งหมด ๒๙ ไร่ ๑ งาน ๖๖ ตารางวาและรวมที่ดินของ วัดแคจำนวน ๑๑ ไร่ ๔๐ ตารางวา จึงมีพื้นที่ทั้งหมด ๔๐ ไร่ ๒ งาน ๖ ตารางวา การจัดการเรียน การสอนจึงแบ่งออกเป็น ๒ แห่งตลอดมา

ปีการศึกษา ๒๕๓๖ คณาจารย์ และ ผู้อำนวยการโรงเรียนภัทรญาณวิทยาในขณะนั้น คือ นายอนันต์ คงถาวร ได้มีความเห็นว่าเปิดโรงเรียนเป็น ๒ แห่ง มีความไม่ปลอดภัยสำหรับนักเรียนและครูที่ต้องข้ามถนนไปเรียนและไปสอน จึงคืนที่ดินของวัดแคเดิมให้วัดแค จำนวน ๑๑ ไร่ ๔๐ ตารางวา ให้เหลือเพียงที่อยู่ปัจจุบัน จำนวน ทั้งหมด ๒๙ ไร่ ๑ งาน ๖๖ ตารางวา

ปีการศึกษา ๒๕๔๖ โรงเรียนเข้าร่วมในโครงการ ๑ อำเภอ ๑ โรงเรียนในฝันสมบูรณ์แบบ กระทรวงศึกษาธิการ

ปีการศึกษา ๒๕๔๗ โรงเรียนเร่งสู่ฝัน (Fast track) ๑ จังหวัด ๑ โรงเรียน

ปีการศึกษา ๒๕๔๘ สถานศึกษาดีเด่นรางวัลพระราชทาน ประเภทมัธยมศึกษาขนาดกลาง นำโดยผู้อำนวยการองอาจ ตรีชั้น และรางวัลนักเรียนดีเด่นรางวัลพระราชทาน ประเภทมัธยมศึกษา   ตอนปลาย ได้แก่ น.ส.จุฑามาศ แพงเวียง รับพระราชทานรางวัลจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ณ พระราชวังสวนจิตรลดา

ปีการศึกษา ๒๕๕๖ โรงเรียนภัทรญาณวิทยาได้ผ่านการประเมินเป็นโรงเรียนต้นแบบ     “การพัฒนาคุณธรรมนำวิชาการ ตามหลักความดีพื้นฐานสากล” ในโครงการพัฒนาคุณภาพโรงเรียนในฝันและโรงเรียนมาตรฐานสากล

            ปีการศึกษา ๒๕๕๘ โรงเรียนภัทรญาณวิทยา ได้รับรางวัลโรงเรียนวิถีพุทธชั้นนำ รุ่นที่ ๖ ประจำปีการศึกษา ๒๕๕๘ ในงานมหกรรมส่งเสริมศีลธรรมและการประกวดกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนด้านพระพุทธศาสนา เฉลิมพระเกียรติ ๖๐ พรรษาสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี จากมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณ์ราชวิทยาลัย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา และ ได้รับรางวัลชนะเลิศ การประกวดสวดมนต์หมู่สรรเสริญพระรัตนตรัย ทำนองสรภัญญะ ประจำปี ๒๕๕๘ ระดับมัธยมศึกษา ระดับภาคคณะสงฆ์ ภาค ๑๔ (นครปฐม กาญจนบุรี สุพรรณบุรี สมุทรสาคร) จาก สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดนครปฐม

            ปีการศึกษา ๒๕๕๙ โรงเรียนภัทรญาณวิทยาได้ขยายผลอย่างต่อเนื่องจนเป็นหน่วยขับเคลื่อนโรงเรียนคุณธรรมของ สพฐ. อีกทั้งได้รับรางวัลชนะเลิศ อันดับ ๑ การประกวดสวดมนต์หมู่สรรเสริญพระรัตนตรัย ทำนองสรภัญญะ ประจำปี ๒๕๕๙ ระดับมัธยมศึกษา ระดับภาคคณะสงฆ์ ภาค ๑๔ (นครปฐม กาญจนบุรี สุพรรณบุรี สมุทรสาคร) จาก สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดนครปฐม

ปีการศึกษา ๒๕๖๐ โรงเรียนภัทรญาณวิทยาจัดการศึกษาตามหลักสูตรโรงเรียนภัทรญาณวิทยา พุทธศักราช  ๒๕๕๘  ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน  พุทธศักราช ๒๕๕๑ ผู้บริหารคือ นางลัดดาวัลย์  ศานตินิรันดร  ตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียน เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑-๖ มีแผนชั้นเรียน เป็น  ๗-๗-๗ / ๔-๔-๔  รวม ๓๓ ห้องเรียน มีนักเรียนรวมทั้งสิ้น ๑,๐๖๑ คน 

ปีการศึกษา 2561 โรงเรียนภัทรญาณวิทยา เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 รวม 34 ห้องเรียน มีนักเรียนจำนวนทั้งสิ้น 1,129 คน

ปัจจุบันปีการศึกษา 2562 โรงเรียนภัทรญาณวิทยา เปิดสอนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 รวม 35 ห้องเรียน มีนักเรียนจำนวนทั้งสิ้น 1,168 คน โดยในปีนี้โรงเรียนได้รับโล่พระราชทานจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ให้เป็นโรงเรียนวิถีพุทธพระราชทาน รุ่นที่ 3 ประจำปี 2562